НДС, предъявленный налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет субсидий или бюджетных инвестиций,
к вычету не принимается (подлежит восстановлению) на основании п.2.1. и пп.6 п.3 ст. 170 НК РФ.
Если компании предоставляются инвестиции из федерального бюджета, которые в дальнейшем перечисляются в виде займа третьим лицам, реализующим инвестиционные проекты, то суммы НДС, предъявленные этим лицам при покупке товаров (работ, услуг) принимаются к вычету в общем порядке. Поэтому положения п.2.1.и пп.6 п.3 ст. 170 НК РФ в данном случае не применяются.
Если же заем третьего лица в дальнейшем на основании дополнительного соглашения к договору займа конвертируется во вклад
в уставный капитал, то ранее принятые к вычету суммы НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет заемных средств, на основании подпункта 6 пункта 3 ст.170 НК РФ подлежат восстановлению.
Разъяснения Минфина России от 26.11.2021 № 03-07-15/96173 доведены до налоговых органов письмом ФНС России от 30.11.2021 № СД-4-3/16725@.

http://www.nalog.gov.ru/rn77/news/tax_doc_news/11688543/