Специальную ставку НДС 5 или 7 % следует применять в течение не менее 12 последовательных кварталов начиная с периода, за который представлена первая декларация с указанной ставкой. При этом доходы не должны превышать установленные значения: от 60 до 250 млн рублей для 5 %, от 250 до 450 млн рублей для 7 %. Не допускается одновременное применение специальных и общеустановленных ставок НДС в размере 0, 10 и 20 %.

Выбранная налоговая ставка должна применяться ко всем операциям, облагаемым НДС. Не допускается применение разных налоговых ставок в зависимости от того, кто является покупателем.

Организация на УСН, применяющая ставку НДС 5 %, может выставлять счет-фактуру со ставкой 20 % только если является налоговым агентом по НДС:

• - при приобретении товаров, работ, услуг у иностранной организации,
• - при аренде федерального имущества, имущества субъекта РФ или муниципального имущества непосредственно у органов власти,
• - при приобретении казенного имущества,
• - при покупке сырых шкур животных, лома, отходов черных и цветных металлов, алюминия вторичного, макулатуры у налогоплательщиков, применяющих ставку 20 %,
• - при покупке медных полуфабрикатов при выполнении условий п. 8 ст. 161 НК РФ.

В указанных случаях у налогоплательщика в книге продаж организации на УСН могут быть отражены специальная (5 или 7 %) и общая (20 %) ставки НДС.