Если покупатель заявляет к вычету с перечисленной продавцу предоплаты НДС, то налог восстанавливается в том налоговом периоде, в котором суммы НДС по приобретенным товарам подлежат вычету. То есть это происходит после их принятия на учет при наличии счетов-фактур и первичных документов.

На практике возникают ситуации, когда продавец произвел отгрузку товаров в одном налоговом периоде, а покупатель принял их на учет в другом. При этом обязанность последнего восстановить НДС возникает в период принятия товаров на учет и не зависит от того, когда продавец отгрузил товар.

Например, в первом квартале покупатель перечислил продавцу предоплату в счет предстоящей поставки товаров и принял к вычету НДС, предъявленный последним по этой сумме. Товары отгружены продавцом во втором квартале, а приняты к учету покупателем – в третьем. НДС восстанавливаются покупателем в третьем квартале.

Разъяснения по этому вопросу направлены по системе налоговых органов письмом ФНС России от 23.05.2024 № СД-4-3/5790@.

https://www.nalog.gov.ru/rn77/news/activities_fts/14945436/